Die romanische Pfeilerbasilika wurde um das Jahr 1170 aus Backsteinen erbaut. Die aus Lehm gebrannten Ziegel waren damals noch ein sehr selten verwendeter Baustoff. Die Kirche selbst stand in einer engen Beziehung mit der ersten Kaufmannssiedlung, die sich um 1150 auf dem Areal des heutigen Königsplatzes herausgebildet hatte. Mit der Entstehung der mittelalterlichen Stadt und der Errichtung der Stadtkirche verlor die Kunigundenkirche an Bedeutung. Die erste sichere urkundliche Erwähnung der Stadt Borna stammt aus dem Jahre 1251. Die Kirche diente nicht mehr als Zentrum einer Gemeinde, sondern wurde als Begräbnis- und Gottesackerkirche genutzt.

Mit Einweihung des neuen Friedhofs und der Errichtung einer Friedhofskapelle am Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Kirche nicht mehr genutzt und verfiel. In den Jahren 1926 bis 1933 erfuhr die Kunigundenkirche eine Entrümpelung und erste Restaurierung. Besonders beachtenswert waren die unter einem verschmutzten Gipsanstrich zum Vorschein kommenden Heiligenbilder aus dem 15. Jahrhundert.